云门遭遇劫难
建寺
一九一二年，应僧众电请，抵沪联络僧界，并为代表赴宁谒孙中山先生。次年，参加筹组中华佛教总会并出席成立大会。返回滇省，主持省分会会务。一九一八年主持昆明云栖寺修复，同时参与或主持兴福寺、节竹寺、胜因寺、松隐寺、太华寺、普贤寺等 的修复。为此艰辛操劳，长达十余年之。到一九三四年，应闽省主席扬幼京等之请出任福州鼓山涌泉寺方丈。从此，又积十八年心血，全心护持祖庭。兴规矩，肃寺 风，颁规约，创办佛学院，培育僧才。同时，应结外缘，多方募化，修葺寺宇，重建楼阁，添买田亩，兴办林场，弘扬农禅。数年之后，寺貌一新，名闻遐迩。期 间，亲自主持整理佛籍，重秘本修纂山志。
民国十一年(1922)才开始动工。老和尚逐日亲督工作，惨澹经营，为时三年，规模粗具，以后即每年在寺中开单接众，传戒讲经。到了民国十七年(1928)，他为筹募云栖圣像款，与王九龄居士同到香港。这时陈铭枢主粤政，接老和尚到广州，想请他住持曹溪南华寺，他谢绝，经厦门转福州，回到他七十年前出家的鼓山寺探视，并在寺中讲经。讲毕，再到宁波阿育王寺拜舍利，朝普陀山，回上海度岁。翌年回到福州鼓山寺，闽省主席杨树庄，及前主席方声涛，率官绅恳切劝请，留他主持鼓山寺。他以鼓山是他剃染初地，缅怀祖德，义不可辞，遂就任。以后数年，在鼓山讲经传戒，修缮寺院，并整顿鼓山佛学院，请慈舟法师主持院务。这样到了民国二十三年(一九三四年)，鼓山寺方理出头绪来。而此时驻兵粤北的绥靖王任李汉魂坚请他到粤住持南华寺。他以六祖道场有重修的必要，这样又到了南华。
南华寺是唐代大鉴禅师六祖惠能的道场，寺中有六祖的真身在。但已荒圮多年，无人过问。老和尚初 到南华时，殿宇已倾，房屋破坏。只得搭盖葵蓬竹屋，暂以住众。然后筹募款项，购材募工，开始了南华重建的工作。经他惨澹经营，历时十年，直到民国三十三年
(一九四四年)始竣工。他写了一篇〈重兴曹溪南华寺记〉以记其事。在这十年之中，民国二十六年(一九三七年)年开始八年抗战，二十六年广州沦陷，各地僧人
都投奔南华寺。南华容纳不下，他重修了韶州曲江的大鉴寺和月华寺作为南华下院，以容纳各地来投的僧侣。民国三十一年(一九四二年)他应国府主席林子超的邀请，到重庆启建了一场息灾法会。民国三十三年(一九四四年)南华重建告一段落，他又担起了中兴云门的重任。
云门寺是云门宗始创者文偃禅师的道场。数年前老和尚途经该地，见荆棘丛中残存破寺及祖师肉身一尊，老和尚见祖庭沦落至此，凄然泪下。便中言之于广东绥靖王任李济深、省主席李汉魂。到南华工程结束，二李又请老和尚重兴祖庭，并亲送老和尚至云门驻锡，老和尚又开始了筚路蓝褛、重建云门的生涯，而是年他已高龄一百零五岁。
由民国三十三(一九四四年)年到民国三十八年(一九四九年)，云门的殿宇堂寮完成了十之八九，殿中圣像八十余尊，也铺金设座告竣。接著“国民政府”自大陆“撤退”台湾，中华人民共和国建立。
遇劫
1951年的春戒期中，发生了震惊全国的“云门事变”。三月，寺中在开戒期间，一日，地方干部及民兵百余人包围了云门寺，将老和尚拘禁于方丈室，将百余僧侣分别囚于禅堂及法堂，干部大事搜索， 上自瓦盖，下及地砖，搜了两日，未搜到金银财物，乃殴打众僧，亦无所获，最后数大汉以木棒铁棍殴打老和尚，逼其交出金银财物，打得老和尚五窍流血，肋骨断折。老和尚深入禅定，苦乐俱捐，多次殴打始终不死，干部们不敢再打。直到五月间“云门事变”传到韶州，大鉴寺僧人通知海内外同门，联合营救。后来北京方面 电令地方政府严查，云门之围始解。
一九五二年春，北京政府电粤，派员护送老和尚入京。七月抵京，李济深、陈铭枢、叶遐庵、赵朴初等迎老和尚于火车站，驻锡于广化寺。中国佛教协会成立，要推举老和尚任会长，老和尚坚辞，挂了个名誉会长的名义。十月到上海主持了一场祝愿世界和平法会，一九五三年回到云门。
在云门最后几年，他仍开堂传戒，日有开示。到了一九五九年，老和尚以化缘已尽，住世无益，于是 年十月十三日(农历已亥年九月十二日)示寂。世寿一百二十岁，僧腊一百零一年。他一生中有许多神奇的感应，如猛虎皈依、双鹅听经、龙王求戒、枯梅开花等 等，限于篇幅，不能一一俱述。
老和尚是中国近代禅宗的代表人物，他一身兼祧禅宗五家法脉-他于鼓山接传曹洞宗，兼嗣临济宗， 中兴云门宗，扶持法眼宗，延续沩仰宗。他解行相应，宗说兼通，定慧圆通。参禅之余，也著书立说，曾著有《楞严经玄要》、《法华经略疏》、《遗教经注释》、
《圆觉经玄义》及《心经解》等，俱已散佚无存。他平常教导弟子，多以诗偈代禅机，著有诗偈数百首，教导弟子们注重行持，勿尚空谈。后来为人辑为《虚云和尚 法汇》，及《虚云和尚禅七开示录》行世。
云门事变的次年，老和尚赴北京之前，曾自书一联，记述其生平，联曰：
坐阅五帝四朝不觉沧桑几度，
受尽九磨十难了知世事无常。
圆寂
一九五九年初，自感身体日渐衰弱，应继安排有关事务，主持岑学吕宽贤 重新编辑的《云居山志》刊印流通，亲自为之撰序。师分别对真如禅寺诸职事作了交待。最后，谆谆告诫自己的侍者，今后[如有把茅盖头或应住四方，须坚持保守
此一领大衣，但如何能够永久保持呢，只有一字曰[戒]]。并留下将自己身后的骨灰撒入水中，与水族结缘的遗嘱后，于农历九月十三日在云居茅蓬内圆寂，世寿 一百二十岁，僧腊一百零一年。荼毗之后，得五色舍利子数百粒。
禅法
“凡学佛贵真实不虚。尽除浮奢。志愿坚固。莫贪神通巧妙。深信因果。懔戒如霜。力行不犯。成佛有日。别无奇特。本来心佛众生原无差别。自心是佛。自心作 佛。有何修证。今言修者。盖因迷悟之异。情习之浓。谬成十界区分。倘能了十界即一心。便名曰佛。故不得不尽力行持。消除惑业。习病若除。自然药不需要。古 云。但尽凡情。别无圣解。喻水遭尘染。一经放入白矾。清水现前。故修学亦如是。情习如尘。水如自心。矾投浊水。浊水澄清。凡夫修行。故转凡成圣也。”
“要知今日之人。未能进步者。病在说食数宝。废弃因果律仪。此通弊也。若禅者以打成一片之功夫 来念佛。如斯之念佛。安有不见弥陀。如念佛人将不念自念寤寐不异之心来参禅。如斯参禅。何愁不悟。总宜深究一门。一门如是。门门如是。果能如此用功。敢保 人皆成佛。那怕业根浓厚。有甚习气不顿脱乎。此外倘更有他术能过此者。是则非吾所能知也。”
“每叹学道之士。难增进胜益。多由偷心不歇。喜贪便宜。今日参禅。明日念佛。或持密咒。广及多 门。不审正助。刻刻转换门庭。妄希成佛。毫无佛行。造诸魔业。共为魔眷。待至皓首无成。反为讪谤正法。古云。‘欲得不招无间业。莫谤如来正法轮。’今逢大 士胜会。同心庆祝。各各须识自家观自在。大士从闻思修。入三摩地。阿难纵强记。不免落邪思。将闻持佛佛。何不自闻闻。反闻闻自性。性成无上道。”
“吾人须是从平实处见得亲切。从平实处行得亲切。才有少分相应。才不至徒托空言。平实之法。莫 如十善。十善者。戒贪。戒嗔。戒痴。戒杀。戒盗。戒淫。戒绮语。戒妄语。戒两舌。戒恶口。如是十善。老僧常谈。可是果能真实践履。却是成佛作祖的础石。亦 为世界太平建立人间净土之机枢。”
“教化人不在于多谈，行为好，可以感动人心。如《怡山文》所说‘若有见我相，乃至闻我名，皆发菩提心，永出轮回苦’。你行为好，就是教化他，不要令人看到你的行为不好，而生退悔心，这会招堕无益。”
“修道如栽田，谷子变秧，插秧成稻，割稻得米，煮米成饭。佛性如种子，众生本性与佛无异，自心 是佛，故曰佛性，这种子和秧稻米饭相隔很远。不要以为很远，就不相信这种子会成饭。成佛所以要先有信心，即把种子放在田里，等它发芽变秧，这时间又怕焦芽败种，错过时光，就是说修行要学大乘，勿误入小乘耽误前途。插了秧以后要锄草，等于修道要除习气毛病，把七情六欲，十缠十使，三毒十恶，一切无明烦恼都除 净，智种灵苗，就顺利长成，以至结果。”