从纵向上看，本论不舍小乘法，不执小乘法，大小乘法相配释，圆满大乘道阶，开演十地而至佛果，初转与三转法轮互补成一味，以四谛法所辩析的暂时名言与善辩法界法轮所许的如来藏清净名言，令众生由安住人间性而现证真如光明。《阿含》中的四果、八地、三七道品、四谛、十二因缘法、一并成为攀登《华严》十地五道“正高楼”的“正世俗梯”。

　　从横向上看，该论不舍人无我，不执人无我，法无我空人无我空相配释，使三乘法彻证成究竟一乘而开显一切法真实性，悟入二无我、四空、十六空、二十空，二转与初转法轮的精义互摄成一味，所说无因生起论者的现世美、数论、胜论等外道派，乃至于小乘有部、经部、大乘唯识、中观等见解逐步上进，令众生从狭如“砖缝”的空性见地逐步趋入中观“虚空”般广大的胜义空性中，平等消融烦恼障与所知障，平等证悟法无我空性和人无我空性，最终以无我智现证缘起性空。其结构如下图所示：

《入中论》全论结构图

　　由上图可见，《入中论》所示的中观见“竖与一切法门浑同，横与一切法门迥异(藕益大师说净土宗法语)”，为了集结如上所述的思想构架，《入中论》精到地开显了二谛，并且善巧运用应成四理论，破除了四边生的邪见。由此分破诸宗，而将四宗之要义，下下者悉数作为上上之道级。

　　在众多教派的思想体系中，顺世派仅许现量，胜论师许境识触合成量；有部、经部皆许先所成境，即依如是之境，而新起之心为量；唯识师则认为，由于境与有境者都是心识，是同时而起，故心非从境生，因为即此境亦无安立自性之因。如梦中识所现境，将阳焰见为水之识，幻觉之识等，皆与自境俱起，故无有先成之外境。

　　唯识师与经部师见解之差别在于：经部师许安立外境，说色等实体与内心识不相观待，而色等实体皆可分为具体的粗尘，如此向下分析，最终必然要遇到无方分之微尘，因此须承认有“无方分之极微”；而唯识师则以“接触还是不接触”的质难，否定“无方分微尘”的实有。此外，经部所许，无色的心识亦必由众多时分的刹那而接续成为粗分刹那，至最基本单位的无时分的刹那亦不许安立，所以，唯识师由此而否定实有“无方分之微尘”及“无时分之刹那”，说诸法既有，必有方分时分。如是由否定外境(以无方分尘积集而成)，证明无有外境可立(亦无刹那分别识安立)。结论是色等实有法皆须观待能持自性之心识才得建立。

　　月称论师，虽亦许安立外境，但不同于经部师之恒常承许外境。这位阿阇黎与上述任何宗派都不随顺，而是立不观察时的(暂时)可随许外境，及观察后(究竟)的无自性本质外境，合称为缘起观待名言量，是接引众生的两种方便，建立唯名言量安立与无自性二不相违而相助显之二谛中观说。最后当名言与胜义这二种谛的分别消融到法界中去时，才许证悟中观正见。这无疑是不可挑剔的中观方法论。