现在遵奉的净宗十三祖，是经宋元明以及近代的逐渐推选而自然形成的。净宗立祖之说始于宋代。南宋宗晓法师(1151—1214年)曾立莲社六祖(未立宗)，以慧远为莲社始祖，善导、法照、少康、省常、宗赜五人继之。云：“是五师者，莫不仰体佛慈，大启度门，异世同辙，皆众良导。” 

　　尔后，宋代的志磐法师在《佛祖统记》中，除专叙天台宗，并兼及禅宗、华严、法相、密宗、律宗五宗。净土不立宗而以慧远、善导、承远、法照、少康、延寿、省常为莲社七祖。宗晓、志磐同是天台宗的学者，宗晓立莲社六祖，志磐立七祖(志磐在宗晓的排名基础上，略有删增，删除宗赜，增加承远与永明延寿，后人排列依志磐所述)。这种排名只是为净土教提供师法楷模而已，当时还没有净土宗的称谓。

　　元朝东林寺普度法师，因为当时白莲教假借佛教别有作用，于是撰《莲宗宝鉴》十卷，又著《庐山复教集》一卷，而自称白莲宗，但并无定祖之说，仅在他的奏文上叙及宋高宗时子元禅师提倡念佛，撰有白莲忏法，并入内廷讲念佛大旨。自此以后，净土宗这个名称才得以通行，而定祖之说尚未确定。

　　到了清朝中叶，才将宗晓、志磐的莲社诸祖和净土宗的名称相提并论，增加了明代的莲池大师为八祖。清道光间，悟开法师增推蕅益大师为九祖，省庵大师为十祖，彻悟大师为十一祖。民国年间，印光大师又改推截流大师为十祖，省庵大师、彻悟大师递降为十一祖、十二祖。印光大师往生后，四众弟子加推其为十三祖。这样，净宗十三祖的谱系方告圆成。

　　祖师称谓排列依次如下：

　　初祖庐山东林慧远大师

　　二祖长安光明善导大师

　　三祖南岳般舟承远大师

　　四祖五台竹林法照大师

　　五祖新定乌龙少康大师

　　六祖杭州永明延寿大师

　　七祖杭州昭庆省常大师

　　八祖杭州云栖莲池大师

　　九祖北天目灵峰蕅益大师

　　十祖虞山普仁截流大师

　　十一祖杭州梵天省庵大师

　　十二祖红螺资福彻悟大师

　　十三祖苏州灵岩印光大师

　　从净宗祖师示现住持教化的区域来看，绝大多数在南方(北方只二处)，且多在江浙一带。可见自古以来，佛教多以江南为中心。净宗如是，他宗亦然。

　　我国隋唐时所列净土教祖师，常以慧远、昙鸾、道绰、善导四大师并列。昙鸾、道绰二大师，对净宗根本理念的建构，有着不可磨灭的功绩，且专修净业，志求往生，亦属功德高盛之列。然净宗所列十三祖之中，并无他们的地位，许多净业学人都心存疑窦，并试图找寻一些原由。有的认为，昙鸾、道绰二大师的著作久已散佚，只是本世纪初杨仁山居士才从日本请回汉土。将有否著述作为甄选祖师的标准，这个说法似难成立。现今十三祖中，亦有不少未有著述的，如承远、少康、省常三大师即是；或著述少份亦有多位，如法照、截流、省庵、彻悟等。印光大师曾就此诘难答复云：“彻祖、省祖之少著作，亦各人之愿心耳。其道德之优劣，固不以著作之多少为定。古今有法身示现，但少数言句，无所著作者多多也。何得在此处生疑？须知吾人欲了生死，实不在多，只一真信切愿，念佛求生西方足矣。纵饶读尽大藏，亦不过为成就此事而已。”(《印光法师文钞》)可见，从昙鸾、道绰二大师著述之失而复得来揣度未能列入祖师的原由，似不能成立。

　　宋代宗晓法师以天台理念所作的只取善导，不列昙鸾、道绰二师之拣择，实则代表着中国佛教界对净土宗的一般看法。自古以来，中国的佛教行人，受儒道思想的浸润，得大乘各宗派的陶冶，因而自信自肯之心颇为隆盛，侧重自力，或自力他力并重。在这种文化背景与心态下，一些祖师大德弘扬净宗，常以融会他宗，自力他力并重的面目出现。其舍圣道专归净土的观念，难以被通途教门的法师所接纳、认同，亦可想而知。

　　在这种文化背景下，唐代慧日法师(慈愍三藏)的融通各宗会归净土的主张，深受佛教界欢迎。宋元明清各朝代的净宗大德及各宗诸师的导归净土，莫不受其影响，以致后人有将慧日法师列为净宗祖师之建言。如日僧小野玄妙写道：“然我慈愍三藏，为伟大之净土祖师，而后世一部分净土教徒，举昙鸾、道绰、善导、怀感、少康五人，称为支那净土五祖而不列慈愍三藏之名，盖以同一净宗，而慈愍三藏之净土教，与善导一流之净土教不相容耳。”这种观点有点斗诤坚固的意味，故而响应者寥寥。慧日法师的净土思想虽然颇具独创性，亦能适应中土行人的文化心理与根机，然以道盛德隆的祖师标准来衡量，尚逊一筹。至于昙鸾、道绰二大师的历史悬案，余以为：鉴于昙鸾、道绰、善导三大师有一明显的传承脉络，故取集大成者——善导大师为代表，列为二祖，与慧远大师交相辉映，一则自他二力并重，一则突显他力本愿。这两大念佛法门的参照坐标，提供中国净业行人更广阔的选择空间。春兰秋菊，各擅其美。只有应机之差异，并无实质之高下。

　　净宗祖师的成立，表证古印度净土教在中国化的过程中，寻找扎根点，融汇异质文化，进而卓然独立的演进过程。初期的净宗大德大多精通老庄与儒学，如道安、慧远、支道林、刘遗民等。净宗在华夏大地的开花结果，表明净宗念佛法门自身深邃的生命力与中华文化的开放胸襟。中华文化为净宗提供了生长发育的沃土，净宗精神提升中国文化的层次，二者并行不悖，相得益彰。