2003年(藏历水羊年)学院的极乐法会有十多万人参加。法会期间藏历九月二十二日那天，法王如意宝说：“这也许是我们师徒最后一次相聚，也许是我最后一次给你们传讲佛法”，“这次法会不是最后却是最好的，我年纪那么大了”，“以后还能有机会讲法当然更好，但世事无常。”谁也不曾想到，他老人家在这个时候已经准备好要圆寂了。

　　在这次极乐法会上，法王如意宝说，“讲多了怕大家记不住，就算当时记住过后也很容易忘，所以只讲三点：第一，今后时常祈祷阿弥陀佛，发愿往生极乐世界；第二，做任何事情前，善良的发心很重要；第三，今后不要再杀生，也不要做与杀生有关的生意。”说到第三点时，法王如意宝甚至用祈求的口吻说：“请大家一定做到”。

　　到了藏历十月的时候，法王如意宝示现生病。他说，去不去治病听你们的，让我去我就去，不去就不去，我自己是不想去医院的，但我不想让僧众有任何遗憾。

　　法王如意宝在藏历十一月十五日这天示现圆寂。圆寂前七天，他在医院的时候，法王让学院这边把电话放到麦克风旁边，好让大家都能听到。法王如意宝在电话里对学院的僧众说了最后两句话： 不动己心，不乱他心。

　　法王如意宝圆寂前交待不用特别处理他的法体，连头发、衣服都不能修塔。他说把这些修塔的钱用来供养僧众、放生最有意义，用他的法体修塔没什么意义。

　　法王如意宝没有说一定不会有他的转世活佛，但他说“自己这一世度化众生的能力实在太小，所以不会在圆寂后很快转世，要先去阿弥陀佛那里，等功德圆满，具备了更大的度化众生的能力以后，再回娑婆世界。”

　　很多人去佛学院参加了法王如意宝的荼毗典礼，亲眼看到很粗的铁棍都被熔化，法王如意宝的肉团心却没有被烧坏，在火焰过后出现金刚舍利。修行人如果戒律清净，精进修行，成就了罗汉果位或菩萨果位，荼毗时可能会出现舍利，而金刚舍利只有达到佛的果位时才会出现。

　　佛菩萨游舞人间，示现如凡夫般的生老病死、喜怒哀乐，这一切都大有深意。佛的境界不可思议，我们所感受到的法王如意宝的慈悲和智慧，只是佛陀无尽功德藏的沧海一粟罢了。